어느 날, 지구상의 모든 인류가 돌이 되었다! 평범한 고등학생 타이주가 5년간 간직했던 짝사랑을 고백하려던 순간, 알 수 없는 힘이 인류를 덮쳐서 지구상의 모든 사람이 돌로 변해 버렸다. 그로부터 수천 년의 시간이 흐른 뒤, 겨우 깨어난 타이주는 자신의 친구인 천재 소년 센쿠와 다시 만난다. 인류가 이룩한 모든 문명이 '제로'로 돌아간 이 시대에 살아남은 두 고등학생! 절망적인 상황이었지만 천재적인 두뇌를 지닌 센쿠는 과학의 힘으로 세상을 되돌려 놓겠다고 선언한다. 그리고 타이주와 함께 '제로'에서부터 '근대 문명'을 만들어 내기 시작하는데... 석기 시대부터 현대 문명까지 과학사 200만 년을 뛰어넘는 전대미문의 모험이 지금 이곳에서 시작된다!